Su carrera pedagógica comenzó con las Escuelas Libres de Música de San Juan. Fue nombrado director musical de la WIPR durante 1957 al 1958, al fundarse ésta. Estuvo vinculado al Departamento de Música de la Universidad de Puerto Rico desde 1958. Fue director en dos ocasiones de ese Departamento, la primera vez de 1960 a 1963 y luego de 1967 a 1971. Enseñó la cátedra de armonía, historia de la música, orquestación, cursos de apreciación e introducción al repertorio y teoría y solfeo. En 1972 fundó el Collegium and Musicum, organización dedicada al cultivo de la música antigua, con instrumentos antiguos (flautas de pico, violas de gamba, rabeles, chirimías, serpentón, clavecín etc.). El señor Martínez se destacó como clarinetista habiendo participado como miembro fundador de la Orquesta Sinfónica de Puerto Rico de 1958 a 1963. Actuó en numerosos conciertos de música de cámara y recitales en colaboración con otros artistas puertorriqueños como Jesús María Sanromá, la Familia Figueroa, Irma Isern, Henry Hutchinson y otras de nuestro mundo musical. Grandes figuras puertorriqueñas de la música como la soprano María Esther Robles, la pianista Nydia Font y el compositor Amaury Veray, le consideraban “Maestro de Maestros” dado a su gran conocimiento de y la claridad y sencillez con que enseñaba. El profesor Roger Martínez tuvo a cargo las cátedras de armonía y apreciación musical en el Coro de Niños de San Juan. Evy Lucío, fundadora del Coro de Niños de San Juan, le dedicó el nombre Roger Martínez a la Biblioteca-Archivo del CNSJ.